Mit der Versionierung bietet Seafile eine Zeitmaschine, mit der sich frühere Zustände von Bibliotheken und Dateien mühelos wiederherstellen lassen. Gewollte und ungewollte Änderungen sind damit im Nu rückgängig gemacht. Das Zeitraster der Synchronisierung und die Speicherdauer der Versionierung kann frei eingestellt werden.